Священномученик Иоанн родился 25 мая 1878 года в селе Ануфриево Никольской волости Рузского уезда Московской губернии в семье псаломщика Николая Державина. В 1894 году он окончил Коломенское Духовное училище, а в 1901 году – Московскую Духовную семинарию и был назначен учителем церковноприходской школы при Богородице-Рождественской церкви в селе Вихорево Серпуховского уезда, а с 1902 по 1904 год был учителем и законоучителем в Горшковской церковноприходской школе Гуслицкого округа Богородского уезда. Женился, впоследствии у них с супругой Пелагией Петровной родилось девять детей.
7 августа 1904 года епископ Дмитровский, викарий Московской епархии Трифон (Туркестанов) рукоположил Ивана Николаевича в сан священника к Никольской церкви в селе Милет Богородского уезда. С этого же времени он стал законоучителем в Милетском земском начальном училище. За благоговейное исполнение священнических обязанностей и за усердное проповедание слова Божия отец Иоанн в 1911 году был награжден набедренником. В рапорте благочинного отмечалось, что отец Иоанн Державин, «отличаясь кротким и добрым характером, пользуется уважением и любовью своих прихожан».